El municipio de El Bagre cuenta con gran riqueza hídrica representada en numerosas quebradas, ríos y Ciénegas, pues sus condiciones climáticas y geográficas así lo permiten. Entre los factores que determinan el clima se caracterizan una temperatura entre 26 y 36°C, una altitud de 50 metros sobre el nivel del mar y una precipitación que oscila entre los 2400 y 4000 milímetros anuales.
Su ubicación geográfica dentro de gran parte del territorio de la serranía de San Lucas y Santa Bárbara, permite que a través de este territorio transcurran diversas fuentes hídricas que conforman la cuenca del rio Nechí, afluente principal, el cual nace en el municipio de Yarumal y desemboca en el rio cauca, entre los que se destacan: Río Bagre, Río Amacerí, Río Tigüi Quebrada Santa Isabel, Ucurú, Villa, Urapá, El guamo, San pedro, Las Neveritas, Las negras, entre otras. Sobre los bajos y corredores aluviales del rio Nechí y otras fuentes principales, se forman numerosas Ciénegas, entre las que podemos destacar: San Carlos, San Pedro, El Pital, Sabalito Sinaí, Amacerí, Matanzas, La Maranata, Las delicias, El Gringo, El pujador.
El municipio se encuentra dentro de las zonas de bosque húmedo tropical y Bosque muy húmedo pre-montano, lo que en gran parte explica su alta precipitación anual, donde predomina un periodo seco más o menos prolongado, y el periodo de lluvias que comienza en abril y se sostiene hasta noviembre, con pequeños veranos entre julio y agosto. Nuestro municipio también posee gran riqueza forestal y de biodiversidad gracias al bosque húmedo tropical, por lo que gran parte de su territorio fue incluido dentro de la Reserva Forestal del río Magdalena creada por la Ley 2 de 1959, y con base a esto, su ordenamiento rural está definido por el plan de ordenación forestal de la jurisdicción de CORANTIOQUIA, el cual precisa de manera predominante un uso de suelo para protección – producción. Es importante resaltar que la figura jurídica de área protegida (reserva forestal) dentro del territorio municipal, y sus terrenos considerados como baldíos nacionales, han generado de manera histórica un acceso inequitativo de la tierra para numerosas comunidades asentadas allí, al no poseer títulos de propiedad, limitándose de manera considerable sus posibilidades de desarrollo.
Gran parte de los suelos en el municipio presentan laderas que están entre los 0° y 45°, sin embargo en gran parte del territorio se evidencian problemas de erosión, generado principalmente por la actividad minera, pero también por otras actividades que se desarrollan de forma insostenible como la extracción de madera, la agricultura y ganadería. Esta situación produce esterilización, pérdida de la capacidad productiva y desestabilización de los suelos, así como inversión de los perfiles del suelo y pérdida de zonas con vocación agraria. La problemática anterior se transmite a las fuentes hídricas, donde las más relevantes evidencian niveles medios y altos de contaminación física y química, presentando altas cargas de sedimentos y contaminantes químicos que afectan la dinámica hídrica y ecosistema del rio Nechí y éste a su vez a otros de mayor envergadura.
Los suelos presentan características físicas como textura variable, desde finas hasta gruesas, moderadamente profundas y se presenta en gran parte del territorio problemas de drenaje y de baja fertilidad. Según el PBOT (2012), las asociaciones de suelos que se presentan son: asociación Saman, asociación Taraza, asociación El real, asociación Cáceres, asociación margarita, asociación Zaragoza, asociación Remedios, asociación Arango – La vega – Nechí.
